消毒方法（即杀灭或清除微生物的方法）有很多，一般可将之分为物理、化学与生物方法三种。
物理消毒法多利用加热、过滤或各种辐射等处理。
一般说，其作用速度较快，不会留下残余的有害物质。其中的热处理与电离辐射 往往是灭菌的首选方法。
化学方法的使用，常涉及到药物的毒性与腐蚀性，而且影响因素也较复杂，因此多在特别情况下使用。
生物法作用缓慢，效果有限，但费用较低，可用于废物或排泄物等的消毒。
